Assassin´s Creed II

O jogo começa imediatamente após os eventos de Assassin's Creed. Desmond e uma aspirante a assassina, Lucy Stillman, escapam do laboratório de Abstergo, seguindo para um esconderijo dos assassinos. Desmond descobre que os assassinos, com poucos recursos e dinheiro, estão tendo dificuldades para vencer os templários. Stillman, um dos assassinos, revela que ela e uma nova equipe têm trabalhado em um novo dispositivo, o Animus 2.0. Desmond então vê as memórias de um novo assassino através da nova máquina.

Ezio Auditore da Firenze

O jogador assume o papel de um jovem nobre que se tornou assassino, chamado Ezio Auditore. O pai de Ezio e seus irmãos, acusados de trair a cidade de Florença, são executados em praça pública. Ezio também seria executado, porém conseguiu escapar da morte. Ezio então parte junto com sua mãe e sua irmã para a vila dos Auditore, onde descobre que seus irmãos e seu pai eram secretamente assassinos. Ezio passa a ajudar seu tio Mario na guerra entre os templários e os assassinos, com o intuito de se vingar dos causadores da morte de sua família.11 Como Altair no primeiro jogo, Ezio é um ascendente de Desmond Miles, o barman dos dias modernos que foi capturado em Abstergo, com o próprio Ezio sendo descendente de Altair (7 gerações separam Ezio de Altair).

O jogo se passa no século XV, na Itália, durante o Renascimento, aproximadamente trezentos anos após o primeiro jogo.10 Como Assassin's Creed, os personagens baseados em figuras históricas estão presentes no jogo incluindo Leonardo da Vinci, Niccolò Machiavelli, Catarina Sforza, Lorenzo de' Medici, Rodrigo Bórgiae Cesar Bórgia. Ao contrário de Altair, o qual o dedo anelar foi amputado para acomodar o uso de sua lâmina escondida, Ezio tem o seu dedo o qual ostenta um anel com o brasão de sua amada. No enredo do jogo existe uma piada interna em que Leonardo da Vinci conserta a mesma lâmina e diz para Ezio que ele deveria amputar o dedo anelar para poder usá-la, Ezio acredita em Leonardo e coloca o dedo em cima de uma mesa para o amputamento, mas Leonardo aproveita para dar um susto em Ezio e diz que com as modificações feitas por ele na lâmina não era mais necessário o usuário fazer aquilo. É possivel que a Lâmina Oculta de Ezio seja a mesma que fora usada por Altair e que talvez a família de Desmond tenha a tradição de passa-la de pai para filho.

Desmond Miles 

Com a ajuda de Lucy, que se revelou uma assassina infiltrada, Desmond fugiu das instalações da Abstergo em uma van. Eles foram para um esconderijo do pequeno grupo de assassinos supervisionado por Lucy e seus parceiros - O britânico Shaun Hastings e a americana Rebecca Crane - a fim de ser treinado no Animus 2.0, fazendo uso do efeito sangria. Desta vez, ele revive a juventude de Ezio Auditore da Firenze, um assassino da renascença. Depois de um intervalo de tempo ele é forçado a sair do dispositivo, para não sofrer a degradação mental que a Cobaia 16 sofreu como efeito colateral do uso prolongado do Animus. Pouco depois de sair do dispositivo, Desmond usa suas habilidade recém-adquirudas para ligar o sistema de segurança do esconderijo. Ao terminar o serviço, ele começa a sofrer um flash back de uma memória de Altäir, onde ele descobre que ele se apaixonou por Maria Thorpe, uma templária que costumava ser vista junta a Robert de Sablé, e que eles tiveram um filho.

Desmond Miles

No próximo dia, Desmond se recupera das alucinações e retorna para o Animus, preferindo não contar o que lhe aconteceu aos Assassinos. Ele continuou nas memorias de Ezio Auditore, apesar de ter sido 'bloqueado' quando uma "Sequência de memoria corrompida" aparece. Avançando para a sequencia seguinte, eles descobrem que o arqui-inimigo de Ezio, o Grão-mestre templário Rodrigo Bórgia se tornou o Papa Alexandre VI, o concedendo acesso a um dos Pedaço do Éden, o Báculo Papal e também a um cofre localizado abaixo do Vaticano. Ao derrotar Rodrigo Bórgia usando uma Maça do Éden, um dos pedaços do Éden, Ezio entra no cofre. Ezio se vê de frente com uma espécie de holograma dourado que se auto-denominava Minerva; Minerva avisa aos Assassinos sobre o fim do mundo e também conta sobre a história da guerra entre aqueles que nos precederam e suas cobaias humanas, porém os assassinos se surpreendem ao perceber que ela falava com Desmond e não com Ezio. Ela alerta Desmond sobre uma catástrofe que vai varrer a vida da Terra no fim de 2012. Logo após ver a mensagem, os assassinos partem para Monteriggioni, local onde Ezio morou com seu tio, pois o esconderijo foi invadido pela equipe da Abstergo.

Penas

Existem 100 penas (feathers) para serem coletadas em todos os mapas do jogo. Ao coletar as 100 penas e entrega-las para Maria Auditore (Mãe de Ezio), você ganhará a capa dos Auditore,

Florence

Monteriggioni / Villa

Forli / Romagna

Tucany

Venice