Assassin´s Creed Brotherhood

O jogo se inicia logo depois dos eventos de Assassin's Creed II,no ano de 2012 Desmond Miles e sua equipe de assassinos modernos escapa dos Templarios e conseguem refúgio na abandonada Vila Auditore,a fortaleza da familia de Ezio Auditore,que é personagem principal de Brotherhood,através das memorias genéticas de Desmond criadas pelo Animus 2.0.

E nas memórias acessadas,Ezio Auditore,em 1499,esta de volta a sua residência quando acontece um ataque surpresa dos borgias comandados por Cesare Borgia filho de Rodrigo Borgia principal antagonista de Assassins Creed II,Cesare com seus soldados além de acabar com a vila Auditore mata Mario Auditore e rouba a Maçã do Éden,Ezio tentou parar Cesare mas alguns dos soldados de Cesare o atingem com um tiro e Ezio cai do telhado,mas e acordado por alguns Mercenarios e consegue fugir da vila com sua mãe e irmã e alguns sobreviventes e então Ezio parte a Roma a cavalo mas por seus ferimentos causados no ataque da Vila Auditore ele desmaia e cai do cavalo.

Ezio esta enfaichado numa cama de uma mulher desconhecida que o tratou a mando de Maquiavel e da novas roupas tambem dadas pelo mesmo já que todo seu equipamento foi perdido no ataque da vila,Ezio sai da casa e percebe que esta em Roma onde começa a reestabelecer a ordem dos Assassinos com o objetivo de se vingar dos Borgia e recuperar a Maçã do Edén,um artefato ancestral de grande importância.Do outro lado Desmond quer saber onde Ezio guardou a tal Maçã e recupera-la antes dos Templários.

Desmond Miles

Quando os assassinos chegam a Monteriggioni, eles se escondem em um santuário que se localizado abaixo da vila Auditore, para assim não poderem ser rastreados pela Abstergo. Desmond usa novamente o Animus 2.0 afim de descobrir onde Ezio escondeu a Maça do Éden, e para isso revive a luta de Ezio contra César Bórgia, o novo grão mestre templário. Após matar César, ele esconde a Maça do Éden em uma cofre no Coliseu de Roma, e com isso, os assassinos partem em busca do artefato. Ao encontrar o cofre, Desmond vê holograma de Juno, a rainha da primeira civilização, que lhe passa uma mensagem e o entrega a Maça do Éden. Porém, ao pegar o artefato, Juno toma o controle do corpo de Desmond e o força a esfaquear a Lucy, sem um motivo aparente. Com isso, a mente de Desmond entra em colapso e é fragmentada em várias personalidades, entrando em coma induzido.